ช่อชงโคคลินิกการแพทย์แผนไทย มหาวิทยาลัยราชภัฏบ้านสมเด็จเจ้าพระยา ได้รับอนุญาตจัดตั้งให้เป็นสถานพยาบาลเมื่อปีการศึกษา 2554 ภายใต้มาตรา 5 ของ พระราชบัญญัติสถานพยาบาล พ.ศ. 2541 และเป็นส่วนหนึ่งของการสร้างความสมบูรณ์ในการเป็นสถาบันการศึกษาการแพทย์แผนไทยของสาขาวิชาการแพทย์แผนไทย มหาวิทยาลัยราชภัฏบ้านสมเด็จเจ้าพระยา ซึ่งเป็นสาขาวิชาชีพใหม่ โดยเริ่มเปิดให้การรักษาด้วยกรรมวิธี การแพทย์แผนไทยเพื่อสนองต่อการผลิตบัณฑิตให้มีคุณลักษณะตามวัตถุประสงค์ตาม หลักสูตรการแพทย์แผนไทยบัณฑิต เพื่อการพัฒนาผลการเรียนรู้ของนิสิต และกลยุทธ์การสอน และการประเมินผลของคณาจารย์ในด้านคุณธรรมจริยธรรม ความรู้ ทักษะทางปัญญา ทักษะความสัมพันธ์ระหว่างบุคคลและความรับผิดชอบ ทักษะการวิเคราะห์และการสื่อสาร และทักษะการปฏิบัติทางวิชาชีพ ซึ่งประกอบไปด้วย รายวิชาฝึกประสบการณ์วิชาชีพผดุงครรภ์ไทย ฝึกประสบการณ์วิชาชีพเภสัชกรรมไทย ฝึกประสบการณ์วิชาชีพนวดไทย และสหกิจศึกษาการแพทย์แผนไทย (ฝึกประสบการณ์วิชาชีพเวชกรรมไทย) ด้วยการส่งเสริมสุขภาพแก่บุคลากรในมหาวิทยาลัยและประชาชนทั่วไป